Bir bakışta
- Talos, nadir hastalıklardaki genetik verilerin otomatik, yinelemeli yeniden analizine yönelik açık kaynaklı bir araçtır. Bilimsel bilgi geliştikçe depolanan dizileme verilerini verimli bir şekilde yeniden inceler ve yeni uygulanabilir kanıtlarla varyantları işaretler.
- Talos, düşük yanlış pozitif oranı için ayarlanmıştır: yaklaşık 1.100 hastadan oluşan bir doğrulama setinde, kapsam dahilindeki tanıların %90'ını geri kazanırken, her hasta için yalnızca 1.3 aday varyantı uzman incelemesi için işaretlemiştir. Bu, yeniden analizi sürdürülebilir hale getirmek için esastır.
- Yaklaşık 5.000 tanısız hastadan oluşan bir prospektif kohortta dağıtılan Talos, 241 yeni tanı sağladı (%5.1 ek verim). Destekleyici kanıtların kamuya açıklanması ile elde edilen tanı arasında ortalama yalnızca 32 gün geçti.
- Aylık yinelemeli döngülerde, analistler yalnızca 200 hastada bir yeni varyantı incelemek zorunda kaldılar; bu, sık ve sistematik yeniden analizlerin sürdürülebilir bir şekilde gerçekleştirilebileceğini gösteriyor.
Neden genom yeniden analizi önemlidir
Genomik testler, nadir hastalıkların tanısını dönüştürmüştür, ancak bu ilerlemeye rağmen, hastaların yarısından fazlası ilk testlerinden sonra tanısız kalmaktadır. Bunun nedeni, genom hakkındaki bilgimizin hala eksik olmasıdır. Araştırmacılar, belirli genlerin işlevi ve bunların hastalıklarla nasıl ilişkili olduğu hakkında her gün daha fazla şey öğrenmektedir.
Ancak, çoğu tanısal araştırmanın aksine, genetik verilerin benzersiz bir özelliği vardır: sonsuz bir süre boyunca saklanabilir ve yeniden incelenebilir. Genom hakkındaki anlayışımız sürekli olarak geliştiği için, analizi daha sonra tekrar çalıştırmak, ilk seferde yapılamayan bir tanı elde edebilir. Bunun nedeni, her yıl yüzlerce yeni gen-hastalık ilişkisi ve binlerce yeni varyant sınıflandırmasının bildirilmesidir.
Tanısız hastaların genomlarının yeniden analizi, çözümdür; yaklaşık 9.500 tanısız hastayı kapsayan bir meta-analiz, yeniden analizlerin tanı verimini yaklaşık %10 artırdığını bulmuştur. Ancak, sorun şu ki, günümüzde yeniden analiz büyük ölçüde manuel olarak gerçekleştirilmektedir. Motivasyonu yüksek klinik uzmanlara, kıt laboratuvar personeline ve tutarsız geri ödemelere bağlıdır, bu nedenle depolanan genomların büyük çoğunluğu asla yeniden incelenmez ve veriler birikir. Otomasyon uzun zamandır çözüm olarak önerilmiştir, ancak otomatik makinelerin geliştiricileri, duyarlılık, özgüllük, bir insanın incelemesi gereken aday varyant sayısı ve analizin ne sıklıkla tekrar çalıştırılacağı arasında zor dengelemeler yapmak zorundadır.
Talos (yeni sekmede açılır), Nüfus Genomikleri Merkezi, Avustralya Genomikleri, Broad Institute ve Microsoft arasındaki bir işbirliği ile geliştirilmiştir ve bu dengelemeleri çözmek ve sistematik yeniden analizlerin uluslararası ölçekte hem uygulanabilir hem de değerli olduğunu göstermek için inşa edilmiştir. Talos'un nasıl çalıştığını ve çok sayıda nadir hastalık kohortundaki performansını değerlendiren
